根據培養目的需要選擇適宜的營養物質
由于微生物營養類型復雜，不同微生物有不同的營養要求。因此，要根據不同微生物的營養需求選擇適宜的營養物質，配制針對性強的培養基。
自養微生物有較強的合成能力，能以簡單的無機物如co2和無機鹽合成復雜的細胞物質。因此，培養自養微生物的培養基應由簡單的無機物組成。
異養微生物的合成能力較弱，不能以CO2作為碳源或主要碳源，故應在培養基中至少添加一種有機物。
注意營養物質的濃度與配比要合適
微生物只有在營養物質濃度及其比例合適時才能良好生長。營養物質濃度過低不能滿足現生長需要，過高又抑制其生長。例如，適量的蔗糖是異養微生物的良好碳源和能源，但高濃度蔗糖則抑制菌體生長。金屬離子是微生物生長所需要的礦質養分，但濃度擴大，尤其是重金屬離子，反而抑制其生長，甚至產生殺菌作用。
控制培養基的條件
(1) 控制培養基的pH 配制培養基必須根據微生物的特點調節pH。各大類微生物要求的適宜生長pH范圍不同。如霉菌與酵母菌一般為5.0-6.0, 細菌為6.5-7.5.放線菌為7.5-8.5.培養基的pH與其C/N有極大關系。C/N高的培養基，例如培養各種真菌的培養基，經培養后其pH明顯下降;相反，C/N低的培養基，例如培養一般細菌的培養基， 經培養后，其pH則明顯上升。這是由于營養物質的消耗與代謝產物的積累，改變了培養基的pH，若不及時控制，將導致菌體生長停止。
(2)調節氧化還原電位(Eh) 各種微生物對培養基的Eh要求不同。適宜好氧微生物生長的Eh值一般為+0.3~+0.4V，厭氧微生物只能在+0.1V以下生長，因此，培養好氧微生物必須保證氧的供應，可在培養基中加入氧化劑提高Eh值。
(3)調節滲透壓 多數微生物能耐受較大范圍滲透壓的變化。培養基中營養物質的濃度過大，會使滲透壓過高，使細胞發生質壁分離而抑制微生物生長。低滲溶液則使細胞吸水膨脹易破裂，因此，配制培養基時要掌握營養物質的濃度。常在培養基中加人適量的Nacl以提高滲透壓。
原料來源的選擇力求節約
配制培養基還應遵循力求節約的原則，盡量選用價格便宜、來源方便的原料。特別是在工業發酵中，培養基用量大，更應注意利用低成本的原料，降低產品成本。
滅菌處理
為了避免雜菌污染，獲得微生物純培養物，培養基必須及時嚴格滅菌。通常采用高壓蒸汽滅菌。一般培養基用0. IMPa (121℃)維持15 ~ 30min即可滅菌。長時間的高溫滅菌會使某些不耐熱的物質破壞，如使糖類物質形成氨基糖、焦糖。因此，含糖培養基常用0.05MPa (110℃) 滅菌20 ~ 30min某些對糖類要求更高的培養基，可先將糖過濾除菌或間歇滅菌，再與其他已滅菌的成分混合。長時間高溫滅菌也會使磷酸鹽、碳酸鹽與鈣、鎂鐵等陽離子形成難溶性化合物而產生沉淀。為了防止這類沉淀發生，可將這些物質分別滅菌，冷卻后再混合；也可在培養基中加入少量整合劑(0.01%乙二胺四乙酸，即EDTA)使金屬離子形成可溶性絡合物，防止沉淀的產生。高壓蒸汽滅菌一般使培養基 pH降低， 應在配制培養基時加以調節。